প্রচীনকাল থেকে পৃথিবীর বৃহত্তম ব-দ্বীপ নদীমাতৃক বাংলাদেশের অন্যতম প্রধান বাহন হিসেবে নৌকা ব্যবহৃত হচ্ছে পূর্বে থেকেই।

মহান মুক্তিযুদ্ধে পাকিস্তানি হানাদার বাহিনীর বিরুদ্ধে বিভিন্ন অভিযানে বীর মুক্তিযোদ্ধা নৌকা ব্যবহার করেছেন। নৌকা ১৯৭১ এর মহান মুক্তিযুদ্ধ এবং জাতির পিতা বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমানের স্মৃতি বহন করে বাংঙ্গালীর অন্তরে। বঙ্গোপসাগরের বিস্তৃীর্ণ উপকুল ঘেষে প্রবাহিত পায়রা, বলেশ্বর, বিষখালী, ও খাকদোন বিধৌত জেলা বরগুনা।

এ-ই জেলার নামকরণের যে একাধিক জনশ্রুতি রয়েছে তার প্রায় সবগুলোই নৌকার সাথে সম্পৃক্ততা রয়েছে।

বাংলাদেশের বিভিন্ন অঞ্চলে বিভিন্ন ধরনের নৌকার প্রচোলন রয়েছে। কালের পরিক্রমায় এসব নৌকা হারিয়ে যাচ্ছে আমাদের মাঝথেকে।

এ হারিয়ে যাওয়া নৌকার স্মৃতি ধরে রাখতে মুজিব শতবর্ষে জেলা প্রাশাসন বরগুনা  দেশের প্রথম নৌকা জাদুঘর প্রতিষ্ঠার উদ্যেগ নিয়েছে তিনি। জাদুঘরে দেশ-বিদেশের বিভিন্ন ধরনের ছোট,বড় ও আকৃতির নৌকাসমূহ অনুকৃতি / মিনিচা’র সংরক্ষণ করা হয়েছে এখানে।

এছাড়াও নৌকা জাদুঘরের মাধ্যমে ব-দ্বীপ পরিকল্পনা -২১০০ বাস্ববায়নসহ জাতির পিতা বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমানের স্মৃতি ধারণ, জেলার পর্যটন শিল্পের বিকাশ, বাংলাদেশের চিরায়ত লোকজ ঐতিহ্য সংরক্ষণ ও তরুন প্রজন্মের নিকট নৌকার অতীত ঐতিহ্য তুলে ধরা হয়েছে এ বিকাশের মাধ্যমে।